phpMyAdminは文字のエンコード周りの設定さえうまくいけばデータの簡易チェックとしてとても便利なツールです（最近はクエリのチェックにはシンプルなCSE＋ODBCを利用しています）。ただ、以前はconfigファイルの設定をちょっといじればタイムアウト時間を変更することが出来たのですが、最近（私の環境は2.11.2.1です）はちょっと調べないとタイムアウト時間を延ばすことが出来ません。

タイムアウトまでの時間はデフォルトでは1800秒（３０分）ですが、それを変更するためにはconfig.inc.phpに以下の一行を追加するだけでできてしまいます。

上の一行を追加するだけで一日（24時間×60分×60秒=86400秒）自動でログアウトしないようになります（長いようでしたら3600*5程度でもいいかも）。

ちなみにconfig.inc.phpに記述されている設定はphpMyAdmin/libraries/config.default.phpに記述されている設定がベースとなっています。

設定値に関する説明はphpMyAdmin-2.9.x 認証タイプ別　設定 （config.inc.php）やphpMyAdmin 2.7.0-pl2 - ドキュメント（ver2.7系用）あたりで幅広く説明されています。